创新工程学院下共开设了四个院系：计算机科学与工程学院、工程科学系、材料科学与工程系以及环境科学与工程系。

　　计算机科学与工程学院

　　目前已经开设了理学学士学位课程（分为计算机科学、电子与信息工程和软件工程3个方向）、资讯科技硕士课程（分为计算机与资讯系统、通讯工程和太空资讯科技3个方向），以及先进网络和人工智能2大博士课程。

　　工程科学系

　　目前开设了智能技术硕士课程以及智能科学与系统博士课程，未来还将计划开设自动化与系统工程和跨学科工程（分为生物科技、综合仿真以及管理工程3个方向）2门学士学位课程。

　　材料科学与工程系

　　主要研究人工智能、先进制造、生物医用与大健康领域等方向的前沿交叉融合创新，目前学系正在申报材料科学与工程的硕士与博士课程，有望在22Fall进行招生！

　　环境科学与工程系

　　目前已开设环境科学与管理硕士课程，计划开设环境科学与工程的本科以及博士课程。

　　澳门科技大学新增创新工程学院

　　澳科大2022年年针对内地高考生和持有国际学历学生的本科课程申请即将开放。

　　高考生申请

　　内地高考生，申请开放时间为5月13日，截止时间为6月30日；

　　国际生申请

　　内地持有国际学历的同学，申请开放时间为4月22日，截止时间为5月31日；